داستان انیمیشن یک‌سال بعد از اتفاقات سری انیمه‌ای شکل می‌گیرد. بعد از سفری طولانی درون “خط دنیاها” به خاطر اختراعی به نام “D-Mail”، پیغامی که به گذشته ارسال می‌شود، “رینتارو اوکابه” به خط دنیای “اشتین گیت” می‌رسد. جایی که هیچ‌کدام از دوستان اون نمی‌میرند و…