سونیک، ناکلز و تیلز در این قسمت با رقیبی روبه‌رو می‌شوند که تا به‌حال مثل او را ندیده‌اند. شدو، دشمنی با قدرت‌هایی بی‌مانند، قدرت‌هایی که آن‌ها را مجبور می‌کند از کسی که انتظارش را ندارند، کمک بطلبند.

در این قسمت دکتر رباتنیک حالا برای کنار زدن سونیک و رسیدن به‌اهداف شوم خود، دست‌به‌دامن یکی از هم‌نوعان سونیک با اسم ناکلز با نقش‌آفرینی ادریس البا شده است.

یک پلیس ماجراجو به نام تام در شهری خوش آب و هوا در گرین هیلز به موجودی عجیب و غریب به نام سونیک برای فرار از دست افرادی خبیث که به دنبال او هستند کمک می‌کند و…