سه خواهر سارق معروف، هیتومی، روی و آی، به دنبال سه نقاشی هستند که از پدر گمشده‌شان به جا مانده و می‌توانند سرنخی برای پیدا کردن او باشند. در همین زمان، لوپن سوم نیز برای به‌دست آوردن همان نقاشی‌ها وارد ماجرا می‌شود.

ر آینده‌ای دور ، تمدن انسان‌ها به نهایت تکلنولوژی دست یافته است. یک عفونت باعث از کار افتادن سیستم‌های خودکار چرخه‌ی شهرها شده است و در نتیجه ساختار چند لایه‌ی شهر به صورت نامحدود تکرار می‌شود. اکنون بشریت کنترل شهر را از دست داده و…

یک گروه ناامید از پناهندگان 20000 سال پس از تصرف گودزیلا تلاش می کنند تا زمین را مستعمره کنند، اما یک مرد جوان بیش از هر چیز می خواهد انتقام بگیرد.

نبرد ناامیدانه بشریت برای بازپس گیری زمین از گودزیلا ادامه دارد. کلید شکست دادن پادشاه هیولاها ممکن است Mechagodzilla باشد، یک سلاح روباتیک که تصور می شود نزدیک به 20000 سال پیش گم شده است.

داستان درباره اتحاد میان انسان ها، بیگانه ها و گودزیلا با هم است تا در مقابل موجودی قدرتمند به نام گیدورا قرار بگیرند و...