این فیلم داستان اصلی را از زاویه دید هیروتو سووا در حالی که از رابطه کاکرو و ناهو حمایت می‌کند را بازگو می‌کند. فیلم هم چنان داستان اصلی اتفاقات بعد از مانگا و انیمه را نشان می‌دهد.

مرد آهنی توسط تروریستی زندانی شده و باید برای پاک سازی نام از زندان فرار کند.

داستان انیمیشن یک‌سال بعد از اتفاقات سری انیمه‌ای شکل می‌گیرد. بعد از سفری طولانی درون “خط دنیاها” به خاطر اختراعی به نام “D-Mail”، پیغامی که به گذشته ارسال می‌شود، “رینتارو اوکابه” به خط دنیای “اشتین گیت” می‌رسد. جایی که هیچ‌کدام از دوستان اون نمی‌میرند و…